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本人有所危害而于1942年6月被解散，但是，这批知识分子的将马来亚和印度尼西亚联为一体的建国理想最终却得到了日本占领当局的支持（1945年7月）。当时，在IbrahimYaacob和BurhanuddinAl-Helmy的领导下，成立了一个新的政治组织“半岛印度尼西亚人联盟”（KesatuanRakyatIndonesiaSemenanjung，后改为KekuatanRakyatIndonesiaIstimewa/“印度尼西亚人民力量”），号召在“满刺加城堡的废墟上”建立“独立的精神”。1945年8月印度尼西亚宣布独立后，为这一运动带来了更大的希望，所以，1945年后期成立的PartaiKebangsaanyuMuda，在提出自治、改革等主张的同时，号召马来人团结一致，建立种族和谐，使马来亚成为大印度尼西亚共和国的一部分，并采用了印度尼西亚旗作党旗。值得注意的是，二战期间由日本占领当局支持建立的马来人组织，如准军事的青年组织“祖国保卫者”(PenahAir)，也被一些更为激进的人士用来谋求独立目的。显然，这一运动所代表的马来族群意识还是一个很大的范畴，它并不局限于马来亚或者后来的马来西亚，而是一种泛马来人的族群意识。
马来人自己也于1888年在柔佛和新加坡创办了一个协会“语言学知识学习与教育学会”(PakatanBelajarahuanBahasa)，其任务之一是寻找与有关政府管理方面的英语词汇相关的马来语词。1924年，泛马来亚的文学协会“学习促进会”
(PersekutuanKeahuan)成立，其目的是统一马来语拼写并开创当代马来文学。1926年，由于操马来语穆斯林内部（马来人同马来化的阿拉伯人和印度人之间）出现分化，导致第一个马来人政治组织的形成，这就是“新加坡马来同盟”(KesatuanyuSingapura)。就在20世纪上半叶，马来统治阶层中逐渐分化出了一批英语教育出身的官僚人士，他们“享有传统的政治地位和魅力以及现代教育双重优势，在殖民时代结束前在各州行政以及马来联邦民政部门中均有其代表”。这些人系政府官员或职员出身，熟悉殖民政治、经济、社会现实，与英国殖民统治关系密切，且是这一统治的受益者，尤其对华人所拥有较强的经济地位及其政治权益要求有全面的了解，所以，由他们在30年代创建并领导的各州马来人协会，一开始就以不反对殖民统治，而针对所谓华人等移民族群的“威胁”以巩固马来人特权为主要目标，如1938年成立的“马来人公会”(Persatuanyu)，其后在吉隆坡创建的“雪兰莪马来人公会”(Persatuanngor)就公开主张禁止移民，但印尼人不包括在内。在这些人士及其组织的推动下，还召开过两次泛马来亚大会（1939年和1940年），讨论共同关心的问题，以共同推进马来人进步事业。以此，“明显地展示了这一战前仅有的大规模运动雨后春笋般的发展特征，而这正是其具有相当可观的马来人基础使然的。作为沙文主义的，或种族主义的，而不是政治民族主义的组织，这些协会表达了对以各州为基础的马来传统的完全忠诚，以及对英国殖民统治的同等的热情，以此在当时定居于马来亚的外国人的贪婪要求下来保护马来人的利益。我们毫不怀疑，马来协会运动及其领导人已经预见到了那样一个时代，不管其多久才能来临，那时，马来人会提出从英国统治下‘民族’独立的要求，他们亦渴望为此而努力工作。”的确，正是由于这一运动及其领导人倾向英国殖民统治的态度，在日本占领期间自然无法得到支持而继续发展，但是，二战后以马来人为首的马来亚国家独立运动却是在此基础上进一步发展而来的，所以，它所代表的可以看做是正在觉醒的马来亚的马来人族群意识。
无论如何，在20世纪上半叶，面对其人口迅速增长的以华人为主的外来移民的威胁，马来统治上层及其知识分子的族群意识亦在不断加强，他们要求英国殖民当局下放政治权利，给予马来人以保留地和参政的特权地位，限制外来移民（主要是中国和印度移民，而不包括甚至鼓励印尼移民）的到来，其激进派甚至强烈反对殖民统治，要求独立，并推动建立马来亚与印度尼西亚的政治联盟等，并为此而组织各类协会，倡导民族和宗教改革，所以这些，尽管在马来人内部因其复杂的利益关系而未形成统一共识，至于泛马来亚发展的时代亦未真正到来，但是，却昭示着马来族群这时正在从封建蒙昧状态下进入现代自觉发展之中。值得注意的是，也就是在这时，关于“马来人”的定义，亦被提出来成为探讨的主题。如1939年和1940年召开的各州马来协会的泛马来亚（亦包括砂拉越和文莱）大会所