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使整个马来亚逐步殖民地化的过程中，面对马来亚复杂的政治局面，发现很难建立起全部的直接统治，因此不得不根据具体情况，采取了不同的统治方式。1829年，槟城、新加坡和马六甲三地被合并为海峡殖民地，由英国东印度公司管辖。1858年该公司解体后，又于1867由英国殖民部直接接管，这是英国政府在马来亚唯一实行直接统治的地区。此后马来亚在政治上仍处于各自为政状态。1873年，英国殖民部正式启动了干预马来各州事务的政策，并在插手当地政治的同时，逐步实施了驻扎官和顾问官制度。1896年，将已接受其“保护”的雪兰莪、霹雳、彭亨和森美兰四州联合为马来联邦，根据与各州统治者达成的协议，各州同意接受英国保护以不受外来侵略，英国有权处理各州外交事务，有权在各州派驻一名高级英籍官员即驻扎官，作为统治者的政治顾问。联邦政府行使立法权，并在吉隆坡设一总驻扎官，总管四州事务。至于其他马来诸州如吉达、玻璃市、吉兰丹和丁加奴，直到1909年才最终从暹罗控制下解脱出来，并在1919年与柔佛州一起，在“马来属邦”的名义下联合成为一个统一的政治实体。
他们接受了英国殖民统治者派驻的顾问，此后，马来亚才全部成为英国殖民势力范围，从而被称作“不列颠马来亚”。
英国人在马来亚半岛上建立的这三种统治方式，其意义非同寻常，它不仅是英国殖民统治者同马来统治者（苏丹）长期斗争、妥协的产物，它还与马来亚的地理位置、资源分布、经济发展与族群结构有着密切的关系。众所周知，世界东方的海洋贸易已有相当悠久的发展历史，英国人同其他欧洲殖民主义者一样，早期来到这里的目的，主要就是为争夺海洋贸易垄断权，而在马来亚，英国人最早占有并将其作为直接统治的殖民地的槟城、新加坡和马六甲，又无不都以其在东方海洋贸易中所具有的重要战略位置而闻名，因此，此三地也就最早成了英国人的囊中之物。英国殖民主义者的胃口还不止于此，它的下一个目标就是拥有锡矿等丰富自然资源的马来亚西海岸地区，这样，霹雳、雪兰莪、彭亨（该州在西方人的传说中早就与“黄金”联系在了一起）、森美兰等马来亚半岛的主要产锡或已显露出有商品作物发展前景的四个州，亦很早就成了英国人的“保护地”，并在马来亚中较早地实现了集中统治，即所谓的“马来联邦”。英国人对于马来联邦虽未能实行直接统治，但在极大地削弱马来统治者权力的基础上，在一些重大决策方面已能行使决定权。在此还要说明的是，由于锡矿的开采和胡椒、甘蔗等商品作物的种植，马来联邦很早就有华人和西方人资本与劳工进入，当地的族群结构亦很早就朝多元化方向发展。
至于柔佛以外的马来属邦诸州，则长期处于暹罗人控制之下，经济社会最为落后，族群亦以马来人为主，更主要的是，马来传统政治势力对英国殖民统治的戒备心理和反抗力度都很强，所以，英国人的控制亦相对弱得多。英国殖民主义者实施不同统治的结果，在很大程度上直接导致了嗣后马来亚的地区发展不平衡（也包含着族群发展不平衡），从而拉开了不同区域（族群）间的发展差距。更有甚者，大量移民的到来还进一步改变着马来亚的族群结构，使这里的族群关系和族群问题愈益朝着复杂化发展。这种当时已在很大程度上呈现硬化的局面至今仍未能得到有效改观，其影响是极为深远的。
毫无疑问，总的来看，作为西方殖民主义代表的英国殖民主义势力，最终取得了马来亚的经济社会发展的主导地位和决定权力，支配了先是部分地区后来乃是整个马来亚的发展进程。但是，实质上，这种地位乃是奠定在英国殖民统治者同殖民地马来上层所结成的政治联盟基础上的，而且，后者是这一政治联盟中仅有的盟友，其他族群如华人等即使是其上层亦均未获得这一资格。
许多决策实质上也都是在英国殖民统治者的支配下由这个联盟共同做出并付诸实施的。正是通过这一政治联盟，马来社会上层不仅得以保留长久以来就享有的政治权益（当然在一定程度上也受到了削弱），他们还在这个政治联盟中初步学会了现代国家管理和政治之术，为马来族群于未来联合其他族群自行管理国家事务奠定了基础。而英国殖民当局所实行的驻扎官顾问官制度的基石就是“非直接统治概念”，1876年，吉隆坡马来联邦总驻扎官FrankSwettenhan甚至强调指出，一定要“保存该国根深蒂固的习俗和传统，获得其人民的同情、兴趣与支持，并让他们懂得良好执政与开明政策的好处。”有学者亦指出，非直接统治的成功，马来统治阶层的合作乃是关键。
英国殖民主义者所实行的间接统治，或者其与马来亚社会上层所达致的政治同盟，对于后者而言，最大的好处是保留了他们原来享有的政治地位、权利或特权