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莪分支机构主席DatoHarunbinIdris的住处，要求他辞职，理由是他已不再是州务大臣。游行队伍路经吉隆坡当时有3万居民的最大的马来人居住区KampungBahru时，还发生了一些不当行为，宣泄了不好的情绪。
与反对党的活动针锋相对，5月13日晚，巫统的支持者也到雪兰莪州务大臣住处外聚集，以示对抗，导致马来人与华人之间冲突，随后在吉隆坡的其他一些地区亦发生了骚乱，杀人、抢劫、纵火的事都有发生。很快，仅靠警察已无力控制局面，直至动用军队，并于当晚8时宣布宵禁。14日，一些地方的枪击时有发生，人数达几百人的马来人和华人群体出现在街上，相互之间展开血斗。流血事件一直持续到15日，冲突事件在后来的两个月内亦时有发生。根据官方统计，这次骚乱共导致196人死亡，409人受伤，据说实际人数可能会更高，且多数都是华人。吉隆坡约有6000户居民的房屋和财产遭毁坏，也是华人受损者居多。
鉴于局势失控，14日，国家元首宣布全国进入紧急状态，宪法和立法议会被终止，原定沙巴和砂拉越的选举也被不定期地推迟。两天后，TunkuAbdulRahman成立了由10人组成并以副首相TunAbdulRazak为首的全国行动委员会，负责紧急时期的行政事务。同时还任命了一个新内阁，其地位高于行动委员会，TunkuAbdulRahman仍充任首相，控制着整个国家，行动委员会须向他负责。然而，就在这个关键时刻，尤其对华人来说其利益和要求更需要得到维护的关键时刻，以陈雄信为首的马华公会却于5月13日骚乱全面爆发之前，负气宣布不再参加新政府，尽管为了使联盟保持多数地位仍留在其中，原因是马华已失去了华裔选民的信任。不过，5月20日，还是有3名马华成员加入了紧急时期的内阁。
1969年“五一三”事件之发生，自联盟政府成立以来并不是一个孤立事件，但却是最严重的一次，因此也就成了当代马来西亚史（当然也是马来人与华人关系史）的一个重要的分水岭。这之前曾发生在马来人与华人之间的族群冲突事件，如1959年5月发生的Pangkor岛事件、1964年7月发生的BukitMertajam区事件、7月和9月发生的新加坡事件、1965年早期发生的吉隆坡事件以及1967年11月和1969年4月发生的槟城事件等。这些事件多数集中发生在1964年至1969年的两届大选之间，说明这期间马来人与华人之间的关系是在一种较为紧张的状态中度过的。
三、善后：紧急状态（非常时期20个月）
从19世纪后半叶开始来到马来西亚的华人，除了那些进入马来人地区或在马来人中经商的人外，一般都与马来人分开居住，而且也大都从事着与马来人不同的经济活动，所以，马来西亚的马来人与华人之间的相互交流一般不是很普遍，相反，他们之间的心理上的相互疏远、猜忌或不信任，却是自然存在的。就那些居住在马来人中间的华商而言，即使他们的人数并不是很多，但是，由于一般都与马来人之间保持着一种货币借贷关系，这不仅给马来人留下了剥削者的形象，还更让他们对富裕的华人与贫穷的马来人之间的差别有着更直接的体验，亦无形中造成了马来人与华人之间的疏远状态。正是在这种背景下，从20世纪上半叶开始，随着马来人族群意识的觉醒与华人本土意识的增加，尤其受一系列问题如马来人的保留地问题、华人的公民权问题、直至后来的马来人的主权和特权、马来语作为国家语言、伊斯兰教作为国家宗教、华文教育以及马来人贫困等问题的影响，两族间的积怨愈来愈深，并在日本占领期间变得愈加严重，以致日本投降后发生了两族间的许多流血冲突。不过，马来亚的族群政治形成以后，马来人与华人之间的矛盾和对立，在一个时期内似乎得到了很大的缓解，这使他们共同赢来了马来亚的独立，那些影响两族关系未来发展的重大政治安排，也是在这种情况下，在相互协商和妥协的基础上达成的。只是，凝结为独立宪法的这些安排，由于突出地强调了马来人的地位和权利，再加上联盟政府为了达致国家认同而不惜推行文化教育同化政策，以及议会选举对族群问题的炒作，才最终导致了1969年“五一三”事件的发生。
无论如何，自1955年以来，一直执政的以巫统为首的联盟政府，对1969年的“五一三”事件是难辞其咎的。这不仅是联盟党在竞选中亦曾打过族群问题的牌，而且是在其长期执政过程中，在解决族群问题方面实践证明并没有发挥应有的作用，这除了历史的原因使得马来亚／马来西亚的族群问题在当时确实是积重难返外，联盟政府过度热衷推行文化同化政策也应是一个重要的原因，尽管作为最主要领导人的TunkuAbdulR