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疾开始得到控制。就在师生们为疟疾得到控制而高兴的时候，又一场灾难已经悄然而至。
日军占领武汉三镇和广州后，开始对桂林、南宁、贵阳等重要城市进行经常性轰炸。小小的宜山城上空，经常可以看到呼啸而过的日本轰炸机。一旦发现日机，宜山城里便会摇响警报。
专门有一个人，手拿手摇的报警器，一摇了后会嗡嗡响的，这个警报声传的地方不远，你一个地方听得到，另外一个地方听不到，你整个宜山城包括外面听不到，听不到。所以就挂灯笼在这个山上。
挂一个灯笼是预备警报，挂两个灯笼紧急警报，就这样子就告诉你们快点逃。
为避免给日军提供轰炸目标，宜山当地政府还做了特殊的规定。
一个规定是不能戴眼镜子，眼镜子是反光的。一个不许带电筒，还有呢，不许穿白衣服，或者接近白的淡的衣服。
1939年2月5日，农历立春，宜山天气晴朗。南国的立春此时早已显露出丝丝春意，国立浙江大学的学生们觉得，这是一个不错的星期天，许多同学组织郊游野餐会，宜山的农民不断地看到浙大学生来到城外的小龙江边，或者附近的山丘上，野餐、合唱。上午，竺可桢和教务长胡刚复带着几个师生，前往宜山城南10公里的太平乡看望从广东逃难来的二百多名儿童。临近中午时分，宜山的防空警报摇响了。
那一天正好是中午的时候，学生们正在食堂里面，就是原来的标营，食堂在标营，正在吃饭，吃饭时忽然听见警报了，大家把筷子啪一下放在桌子上就往外跑。
因为2月4号听到广播是贵阳炸了嘛，所以那一天2月5号的话，大家都有警惕性的。
学生们跑得快就跑到小龙江岸上躲起来了。那个炸弹下来，有嘘尖叫声的，所以那个时候呢，马上要卧倒啊，还来得及的，卧倒以后炸弹炸起来啊，炸不到你的身上。
这个炸弹落在学生们的旁边，炸弹炸在泥地上面，泥土像树这样一把起来，资源和许多泥土盖在我身上，但是学生们并没有受伤。
龙江边有许多天然的岩洞，这些岩洞成为浙大师生躲避轰炸的天然防空洞。
据回忆，我跟那个同学我说，我们躲在那个洞里面去吧，跑到里头去呢，那个洞并不大。我们进去了以后呢，看到里面有一条蛇，差不多比我们一个人两个手臂伸出来还要长一点，它在那里看着我们。那么我们两个人也看着它，它大概看我们有两个人，它也不敢来惹我们，我们也怕它，也不敢去惹它。然后等到轰完了以后呢，我们出来，我们也走了，相安无事，它还在里头。
据回忆，到时候跑得太快了，这个洞都找不到了，所以就沿着这个路上走，走到我不是讲有一个坟地吗，那坟地上面碑石，那东边照过来有个影子，我们就两个人穿着旗袍，两个人就躲在那个影子里面。那么炸弹，它来炸了三批，那一批走了以后，我们又爬起来跑，跑到听见飞机，看到来了，我们又躲起来了。
轰炸结束后，经过土木系学生的测量，日军在标营学生宿舍共投弹118枚，二至四年级的男生宿舍，全部被炸毁。
而且据有些回忆讲，那一天的轰炸很怪，来了以后，在宜山城区没有丢炸弹，直接就狂轰乱卸地，直接就奔着浙大来的啦。就是说有内奸，恐怕报告了浙江大学就在这个位置，日本人专门是冲着浙江大学来投炸弹的。
在这次轰炸中，宜山市民死伤50多人，国立浙江大学共计损失3万多元，但师生无一伤亡。
王人龙后来说笑话嘛，说这个日本的航空员都是斗鸡眼，都是斜眼，眼睛斜的，斜视的，对不准。其实，对准没法对准，不可能一个人扔一个炸弹，它是炸弹一大批下来。
这里面有一个插曲，他们原来班上有一个，工学院的同学叫孙华，无锡人，他是神精病了，不知道怎么样得来的，那时候没有办法管理他的，把他隔离在农场里边哪一个房间里，关在里边。经过这次大轰炸以后，他忽然跑出来了，说好了，大家都觉得很奇怪的，就是这样子，没有死一个人，反而还得了一个人，病好了。
尽管在这次日军的轰炸中，国立浙江大学的师生无一伤亡，但是轰炸留下的困难却无法躲避，许多男生的衣服和被褥在轰炸中被大火焚毁。这些被毁校舍的照片都是竺可桢亲自拍摄的，整个国立浙江大学西迁时的大部分照片，都出自竺可桢的相机。当天晚上，宜山城里城外到处弥散着硝烟的味道，如何睡觉成了男生们的最大问题。
据回忆，那么因为被子、褥子都没有了，晚上睡觉就没有盖的了，马上学校里就发动互救，特别是教师还有一些学生，自己有多余的被子拿出来给他们睡，有地方腾出来可以让他们住。所以没有引起慌乱，也没有引起教学次序的不能维持。
广西宜山遭到轰炸的两周后，湖北宜昌市区遭到更大规模的轰炸，死伤千人