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迁贵州时，10月11日，日军向汉口发动攻击。4天后，国民党政府统帅部下令放弃武汉，武汉会战日军伤亡10万多人，中国军队伤亡14万人。就在蒋百里抵达宜山的一周前，日军攻陷了武汉三镇，并血洗全城。两周后，日军又攻占岳阳。
蒋百里和竺可桢是浙江同乡。在宜山停留的第四天，蒋百里拜访了这位比自己年长八岁的同乡，现任母校校长。竺可桢请蒋百里为学校师生作一次关于持久抗战的演讲，以便在武汉沦陷之后，振奋一下人心，蒋百里欣然应允。但这个约定却成为竺可桢心中永远的遗憾。
与竺可桢会面的当天夜间，蒋百里因心脏病突然去世。第二天，竺可桢得知他的死讯，感叹到：“我听后仿佛晴天霹雳，昨天谈话时还精神矍铄，我还自叹不如，真是悲惨啊!”
11月19日，天刚放亮的时候，竺可桢便来到蒋百里的灵堂。追悼会持续了一个小时，而后在仪仗队和军乐队的伴随下，送殡队伍浩浩荡荡，穿过宜山城，出南门后，将蒋百里的灵柩安葬于宜山城外的南山。
此时，尽管武汉已经沦陷，但是千里之外的宜山，除了偶尔的防空警报声之外，还算是一个安全的地方。这一学年国立浙江大学共招生471人，占全国大学录取新生总数的12，生源大部分来自它流亡时经过的省份：浙江、江西和广西。流亡了一年的国立浙江大学暂时有了一个栖息之地，但疾病却不期而至。
广西的宜山开始同泰和就不同了，比较起来，所谓瘴气多了，瘴气实际上就是，他四周是山嘛，所以山里边同我们这里雾大的时候一样，有的这种云的样子，那么这个瘴气为什么叫瘴气，就是当地历史上边下来嘛，老百姓都是叫它瘴气，瘴气的坏处就是要生病。
当地宜山人吃岩盐，而学生们原来都是吃海盐的，海盐里面有碘，这个岩盐里面没有碘，缺碘的人得大脖子病。高年级的同学对这件事没有什么太大反应，低年级的学生就不同了，有一个一年级的同学从广东来的新生，看到有的同学大脖子吓得就走了，退学了，不上了，不敢在这里。
为了预防缺碘而引起的甲状腺肿大，即大脖子病，江浙一带的学生纷纷写信给家人，要求邮寄紫菜。
紫菜里有碘，含碘较多，而且紫菜又轻，装在信封里面就可以寄得来，随便哪一家拿到了紫菜，就交给这个饭师傅，就熬汤，每一桌一碗汤，大家吃。
但最危险的疾病并非大脖子病，而是恶性疟疾。参加完蒋百里葬礼后的竺可桢，回到宜山城内的办公室，准备召开校务会议，这时候他得知了一个令人担忧的消息：任职于江汉工程局，此时也在宜山的侄子竺士楷患上了疟疾。
广西宜山这些地方按古人讲，叫作蛮瘴之地，宜山宜水不宜人。主要是指它疟疾横行。那么浙大到了这个地方，也是在劫难逃。学生染病，家属染病，数十人，并且发生了死人事件。
疟疾是由疟原虫引起的寄生虫病，夏秋季发病较多，严重型的疟疾极易致人死亡。在热带亚热带地区，疟疾一年四季都可能发生，很容易流行。宜山旧称“蛮烟瘴雨”之乡，属于亚热带气候，这里温暖多雨。多雨的环境极易滋生蚊子，而蚊子则是传播疟疾的祸首。除气候条件外，战时增加的人口也成为疟疾迅速传播的一个原因。
那时候，从湖北撤下来的十多万伤兵中，有两万多疏散到广西宜山一带。随后，广州的沦陷也迫使广州黄埔军官学校向桂北搬迁，黄埔军校第四分校奉令搬迁到宜山，这使得宜山人口激增，一时间燃料、房屋、食品，特别是药品的供应骤然紧张。
1938年10月17日，是浙江大学师生对疟疾这种疾病，开始感到恐惧的日子。下午四点，浙江大学文理学院副院长张绍忠向竺可桢报告，其侄女因患疟疾病逝。在随后的两个月中，浙江大学里患疟疾的人数从10多个增加到146人，其中恶性患者占77，到1939年1月，又增加了200多人，几乎每家都有患病之人。电机系学生袁可志不幸也染上了恶性的疟疾，不是一般的疟疾，一阵冷一阵热的，是高烧不退的疟疾，恶性疟疾很容易死人。
当时治疗疟疾的特效药是扑虐母星和阿的平，浙大离开杭州时所带的这两种药物早已用完，离宜山最近的柳州和桂林却买不到医治疟疾的药物。疾病在蔓延，但药物匮乏，这让师生们惶恐不安。为了解决疟疾的传播，竺可桢对宜山当地的蚊子进行研究，以便确定师生所患的是哪种类型的疟疾，同时派人到梧州和已经沦陷的广州购药。
过了一段时间以后呢，学校以及学生们自己通过各种渠道，总算是搞到了一点药，但是也解决不了那么多患者，主要还是靠自身的抗体，和能够提供的一些，尽量好的这个休养的条件，来渡过这个难关。
随着冬季的到来，传播疟疾的蚊子逐渐减少，到1939年1月底，一度造成全校恐慌的疟