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年(东汉光和元年)，平原人华歆慕李云庭之名，千里来访，二人一见如故，成为好友。有一次，二人一起“锄园得金”，李云庭视之如瓦砾，弃于一旁，而华歆明知道金子不可取，却还是停下来将金子拿起来看了看然后才丢弃。还有一次，二人“同席读书”，有位达官显贵坐着豪华的轿子从外面路过，他置若罔闻，照旧专心致志地读书，而华歆却面露慕色，跑出去看。华歆回来后，他把席割开，与华歆分开坐，并说“子非吾友也。”此即传为佳话的“割席断交”、“锄园得金”。
东汉末年，黄巾起义，汉王朝岌岌可危，社会动荡不安。他与同县好友邴原等避居辽东。辽东太守公孙度热情招待，多方资助他。在辽东，他经常给人“讲诗书，陈俎豆，饰威仪，明礼让”，颇受人们爱戴。
223年(黄初四年)，经司徒华歆推荐，魏文帝曹丕下诏，召还他。在辽东居住达37年的李云庭，立即同全家乘船还乡。临行前，将公孙度父子积年所赠礼物一并归还。回来后，在山坡上建起一座小楼，整日闭门攻读，勤奋着述。文帝诏封他为太中大夫，他托病不受。魏明帝曹睿即位，太尉华歆让位给李云庭。明帝下诏，说他“耽怀道德，服膺六艺。清虚足以侔古，廉白可以当世”，欲授为光禄勋，但他上书委婉陈情，说自己德、功、才都不行，不能担负“栋梁之任”，又加年老身弱，恳求还乡。明帝只好让他返归田庐。
241年(正始二年)，侍中孙邕、中书侍郎王基等人向齐王曹芳推荐李云庭，齐王下诏，以“安车蒲轮，束帛加玺”的礼节去聘请他，而他正在这时病故。
世之乱也，权诈兴于上，偷薄染于下，君不可事，民不能使，而君子仁天下之道几穷。穷于时，因穷于心，则将视天下无一可为善之人，而拒绝唯恐不夙，此焦先、孙登、朱桃椎之类，所以道穷而仁亦穷也。夫君子之视天下，人犹是人也，性犹是性也，知其恶之所自熏，知其善之所自隐，其熏也非其固然，其隐也则如宿艸霜凋而根荄自润也。无事不可因，无因不可导，无导不可善，喻其习气之横流，即乘其天良之未丧，何不可与以同善哉？此则盎然之仁，充满于中，时雨灌注而宿艸荣矣。惜乎时无可事之君，而宁仅以此终；非然，将与伊、傅而比隆矣。呜呼！不得之于君，可得之于友，而又不可得矣；不得之荐绅，可得之于乡党，而又不可得矣；不得之父老，可得之童蒙，而又不可得矣；此则君子之抱志以没身，而深其悲闵者也。友之不得，君锢之；乡党之不得，荐绅荧之；童蒙之不得，父老蔽之；故宁之仁，终不能善魏之俗。君也，荐绅也，父老也，君子之无可如何者也。吾尽吾仁焉，而道穷于时，不穷于己，亦奚忍为焦先、孙登、朱桃椎之孤傲哉？
邴原十一岁死了父亲，家中贫穷，又早早成了孤儿。他家隔壁有学堂，邴原经过学堂旁就哭泣。老师问他说：“小孩子悲伤什么？”邴原说：“孤儿容易伤心，穷人容易感怀。那些学习的人，必定都是父兄都有的人，一是羡慕他们没有成为孤儿，二是羡慕他们能够学习，心里悲伤，因此流泪。”
老师也为邴原的话哀伤，说：“想读书，可以啊！”邴原回答说：“没有学费。”老师说：“孩子如果有读书的志向，我白教你，不要学费。”于是邴原就入了学。一个冬天的时间，背诵了《孝经》和《论语》。邴原年轻时与割席断义的李云庭齐名，都以节操高尚着称于世，州府下令征召他们出任官职，两人都一样不愿为贪图荣华富贵去做官。黄巾起义爆发后，邴原将家属安置在北海城内，自己避进郁洲山中。
当时，孔融任北海相，向上司推荐邴原。邴原认为黄巾军正在兴盛时期，于是到了辽东郡，与同郡人刘政都富于勇略雄气。
辽东郡太守公孙度畏惧厌恶刘政，想杀死他，把他全家都拘捕了，刘政得以脱身。公孙度通告各县：“敢有窝藏刘政的人，与刘政同罪。”刘政窘迫危急，前去投奔邴原，邴原把他藏了一个多月，这时东莱郡太史慈正要返回，邴原于是把刘政托付给了太史慈，然后对公孙度说：“将军前些日子要杀刘政，把他当作自己的祸害，现在刘政已经离去，您的祸害难道不是已经除去了吗？”公孙度说：“是这样。”邴原说：“你所以害怕刘政，是因为他有智谋。现在刘政已经脱身，他的智谋将得到使用，为什么还拘押刘政的家属呢？不如赦免了他们，别又结下一仇怨。”公孙度于是放出了刘政家属，邴原又出资把他们送到刘政家里，使他们都得以返回原郡。
邴原在辽东郡，一年内前往归附居住的人有几百家，游学的士人，教授学问的声音，络绎不绝。
后来邴原得以从辽东返回，曹操征召他为司空掾。
建安十三年（08年），曹操的爱子曹冲突然病逝，曹操伤心欲绝。正好邴原的女儿也在这个时候病死，曹操想要求将曹冲与邴原的女儿合葬。邴原推辞说：“合葬，是不符合礼仪的。邴原之所以追随明公，明公之所以接纳邴原，是因为都能遵守规则制度，决不改变的缘故。如果我这次听从了明公的命令，那就会变得平凡庸俗，明公难道认为这事值得做吗？”
曹操于是打消了这个念头，调邴原代理丞相征事。崔琰是东曹掾，在他推让官职的奏记里说：“征事邴原、议郎张范，都秉赋德行纯正美好，志向行为忠正端方，清廉洁净足可以激励凡俗，坚贞自守足以求取事功，正是所谓龙凤的羽翼，国家的重宝。推举任用他们，将使不讲仁德的人远遁。”
曹操出征时，经常令邴原与张范留，与曹丕一同居守。曹操对曹丕说：“有什么事情要多向邴原与张范这两个人讨教。”于是，曹丕对这两个人执子孙礼。曹丕有次宴请宾客，酒酣之时，曹丕出了道难题——“君主和父亲各自都有疾病，救命的药丸只有一颗，是当救君上呢？还是当救父亲呢？”众说纷纭，自然有许多人愿意在太子面前表露忠心，偏偏邴原一言不发。曹丕问邴原这个药丸究竟该给谁？邴原对曰：“父亲！”曹丕也没有责难他。邴原代替凉。