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孙瑞仍是持着不同意见，劝道：“凉州人一直害怕刘备、袁绍，畏惧关东大军也。如今若是一旦解散军队，打开函谷关，董卓部下一定会人人自危。以瑞之间，可任命皇甫嵩为将军，率领董卓旧部，并留驻陕县以进行安抚。”
王允则不以为然道：“不然，关东义兵将领与吾等一致也，皆是忠君报国之士，现在如果再将大军留驻陕县，扼守险要，虽然能够安抚凉州人，却会使关东将领起疑，此举将失关东诸侯之心也。”
这时，又出了一件事情，使得王允的威望几乎一下子降到了冰点，那就是杀了海内名儒蔡邕。
董卓的尸体被陈尸西市，多天来无人过问，以至于尸体渐渐腐烂，臭不可闻。本来，蔡邕也明白董卓乃祸国之人，理应被诛杀，但是思及董卓对自己还是有知遇之恩，心下不禁有些悲伤，竟然为之落泪。偏偏这个时候，蔡邕是在王允的府上做客，而且是在下人刚刚禀告过董卓尸体腐烂之后，自然是引起了王允的大怒，斥责道：“董卓乃国之贼也，几乎灭亡汉室之大统，汝乃汉室大臣，理应同仇敌忾，然汝却怀念董卓之四人恩惠，反为之悲痛，此岂非是与之共同为逆乎？”当时就下令将蔡邕逮捕，送交廷尉，当时在坐的还有许多大臣，皆是出来为蔡邕求情，然王允却是不允。
蔡邕下狱之后，上了一张表，承认自己有罪，说道：“虽然邕身处一如此不忠之位也，然对古今之君臣大义，耳所厌闻，口所常玩，吾怎会叛国而袒护董卓乎？邕愿黥首刖足，继成汉史，以为补过也。”许多士大夫同情蔡邕，纷纷设法营救他，在王允跟前进言，却都没有成功。太尉马日说道：“蔡伯喈乃旷世奇才也，对汉室之史事典章知之甚多，不如让其完成史书，此将为一代大典也。而且，其所犯之罪本为微不足道，若是杀之，岂非让天下士人失望哉？”
王允道：“昔年武帝不杀司马迁，使其所作谤书《史记》流传后世。方今国运中衰，兵马就在郊外，如何能让奸佞之臣在幼主身边撰写史书耳，此既无益于皇帝之圣德，亦会使吾等青史留恶名也。”马日闻之，知道再劝无用，便退了出来，对别人说道：“王公强横专势，不纳忠言，必与董卓同尾也。善人乃国家之楷模，史著乃国家之经典，王公如此毁灭楷模，废除经典，国家如何能够长久？”当天，蔡邕就被王允赐死在狱中。
几天后，不知从哪里散播了一个消息，说是王允不同意赦免李榷等人，更要将所有的凉州人都杀死，董卓旧部的将领自然惊恐不安，全都控制好自己的军队，一旦事情恶化，能求一个自保。而且，他们之间还互相传言：“蔡邕乃海内大儒，在天下士子中威名极高，只因受过太师之信任与厚待，尚且被牵连至死，何况吾等。眼下，王允既不下令赦免吾等，又欲将吾等之军队解散，一旦如此，明日便是人为刀俎，吾为鱼肉也。”
吕布派李肃率军前往陕县，宣布皇帝诏命，诛杀李榷三人。李榷等如何肯引颈受戮，于是便率军出击，李肃兵少，如何会是其敌，一战而败，逃回弘农。吕布本欲除掉李肃，趁机将之斩首，以示三军。
李榷等人虽然小胜一场，却是听到吕布已经率领大军到了弘农，不日就会兵临陕县城下，登时皆是惶恐不安。他们昔者尽为董卓手下大将，虽然李榷等人也自负勇武，但是他们知道吕布的武功不但勇武两字能表达得清，只能用可怕二字形容，是以西凉军将领无有不怕吕布者。
经过一番商议，不等吕布进军，李榷等人便又派了使者前往弘农，面见吕布，请求赦免。吕布虽然有心同意，奈何眼下朝中大权在王允手中，吕布只能是暂缓进军，派人将使者护送到长安城，静待王允的命令。
王允的回答也很干脆：“一年之内，安能颁布两次赦免令也？”拒绝了李榷等人的请求，更是催促吕布抓紧时间进军。原来，董卓被杀之后，王允曾经颁布了一道赦免令，将吕布、李儒、李肃以及一些附会董卓的大臣尽皆赦免。
使者无奈，王允不杀他已经是感天谢地了，哪敢多言，只能仓惶回到陕县复命。这使者回来不久，李榷等人便听到吕布进军的消息，心中更是害怕，不知该如何是好。最后商议之下，决定解散军队，个人分别走小路逃回家乡，他们以为，或许没有了军权之后，王允就不会咄咄逼人地非要他们的项上人头不可了。
果然，三人孤身逃走之后，吕布也没有怎么追赶，只是派人将陕县占领，便率领大军向王允复命去了。说实话，吕布要杀的人是董卓，对于李榷等人，还真是没想到要赶尽杀绝，非要取他们的性命不可。
王允听了吕布的回报，知道他没有尽力，却也无奈，只能下诏全国通缉李榷三人，赏金竟然达到每人三百金，而且还许下九卿之一的高位。这个诏书下了之后，朝中大臣都很不理解，李榷三人没有了军队，就像一只老虎没有了利齿与尖爪，再也掀不起什么风浪，为何非要赶尽杀