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随着游戏的剧情，关于《传送门》背后的故事也逐渐的揭露在了玩家的面前。
如同游戏的类型是益智解谜一样。
《传送门》中的一个剧情，同样也是需要玩家一点点拼凑的。
包括机器人的对话，还有场景中的一些线索。
只有将这些东西串联起来，才能够得到一个完整的故事。
而跟梦境记忆中不同的地方，那就是杨晨将后续的一个剧情，跟前面进行了一个联合。
只不过玩家在这之中还是要通过游戏中的一些线索，才能够明白这一切。
在当初游戏中玩家操纵的主角雪儿，将dos的核心扔进焚化炉导致过载爆炸后。
雪莉被炸出了地面，但很快又被机器人给拖回了光圈科技中。
随后鼠人在休闲中心的低温冷冻室中找到了雪儿，并派护送机器人将她安置在该低温室中。
而鼠人决定尝试通过冷冻控制来挽救她，但哨兵塔楼阻碍了他的前进。
他在墙上找到一块面板，很快就意识到dos的毁坏炸毁了主电网，结果包括雪儿在内的所有冷冻室都掉线了。
鼠人随后试图越过炮塔，但被击中大腿。
鼠人用尽全力将雪儿的冷冻装置修补到备用网格中，并重新启动她的生命维持系统，该方法可以正常工作，但会让雪儿永久睡眠，直到她被唤醒。
同时由于雪儿对dos的破坏，本应在仓库待机的惠特利以及许多其他人格核心被激活，开始维护光圈设施，但还是有很多核心出现问题，有的电量低，以及程序不正常。
度过了不知道多长时间，惠特利将雪儿给唤醒，同时将整个冷冻装置进行移动。
而移动的过程中，惠特利开始担心整个设施的荒废、并试图修复这一切，所以他引导雪儿回到破旧的1代实验室并拿到传送枪。
只不过惠特利的就如同竞技游戏里的猪队友一样，诠释了什么叫做愚蠢。
在穿过数个实验室之后，回到一代中dos主机残骸处，然而在主角与惠特利试着开启逃生舱时，意外的重新启动了dos的系统。
dos并未原谅雪儿多年前在一代中曾“谋杀”她的往事，还把雪儿再次带进无止尽的实验中，并且开始重建整个荒废的光圈科技设施。
“我想只有在科学这件事情，我俩才能将彼此间的歧见暂时搁在一边，你这个怪物。”
于是噩梦降临，可怜的雪儿被踢入残破不堪的迷宫继续测试，不过这次的迷宫大阵中不再只有dos独自喋喋不休的电子语音，还多了惠特利这个“愚蠢”的核心机器人。
不过随着游戏的一个剧情推进，就如同在之前的剧情里面，dos欺骗了雪儿。
这一次dos则是告诉了玩家惠特利为什么会那么蠢的原因。
原来惠特利是光圈科技科学家们专门用来限制干扰dos思想，促使她作出错误决策的核心，称愚蠢思想核心。
dos的嘲讽让惠特利难以忍受，于是一直让玩家以为是帮手，但只是有点蠢的惠特利则同样是背叛了玩家。
整个游戏故事贯穿着“谎言”一词，至始至终。
可真正让人意外的地方，那就是伴随着剧情的推进，dos却给了玩家不一样的感觉。
相较于惠特利，还有其他科幻类题材的人工智能ai。
dos却给了玩家一种很‘浪漫’的感觉。
dos惹人生气，但又惹人怜爱。
从程序上面来说，dos她完全藐视人类，对自己人工智能的身份充满了自豪，实验就是她的追求与使命。
从一开始对雪儿这条漏网之鱼的蔑视，再到对方来到了地下室逃脱后感到惊讶与慌张。
再到‘一个实验品也许会有点利用价值吧？’
到了最后惠特利背叛了雪儿，而这个时候却是dos跟雪儿同生共死，甚至还给了雪儿不少的帮助。
“虽然你想杀我，两次。不过现在这样的状况还蛮令人愉悦的。”dos这样说道。
在最后的关头惠特利安排了陷阱，以炸弹将交换核心的按钮炸毁、将雪儿炸伤。
这千钧一发之际，雪儿将传送门开在天空中的月球表面上，把惠特利一起吸往外太空。
准备跟其同归于尽，可最后，dos却利用机械臂把雪儿拉了回来，而将惠特利流放太空之中。、
并且在雪儿醒来之后，dos解释，它只是从卡洛琳的人格资料之中，学到了人性的珍贵，不过马上就又把这部份的人格资料删除掉、回到过去充满敌意的状态。
不过最终dos同意让雪儿离开光圈，理由是实验证明要杀死雪儿实在太难了。
“我可以长生不老，但是你不能，真是遗憾，不过也幸好如此。”
这一句话充满了dos作为人工智能的优越感，对自己身份的自豪感。