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资格限制得更加严峻后，马共于1948年1月20日亦发表了反对声明，认为新宪制的实施，对马来亚的民族团结与和睦是一个更大的破坏。就在当年，由于同英殖民当局的矛盾愈来愈难以调和，马共决意重新举起武装斗争大旗。1949年，马共中委会再次提出建立“马来亚人民民主共和国”的目标，强调凡是“以马来亚为永久家乡和效忠对象的各民族人民，得为马来亚公民”，且都在“政治上、经济上和文化教育上享有平等的权利”。
马共重新开展武装斗争后，尽管已成为非法组织，并退出了马来亚的政治舞台，但是，它的影响却继续存在着，尤其在马来人与华人的关系方面，是一个不容忽视的消极因素。这是因为，普通马来人会因华人中仍存在的与马共的某种联系，把马共武装斗争所带来的社会不稳定和破坏现象，不加区别地算在广大华人头上，从而破坏华人在其心目中的形象，在两族群关系上投下暗影。
不仅如此，英国殖民政府为割断马共武装与华人之间的联系而实施的“新村”计划，其影响就更为深远了。根据这项“Briggs计划”(BriggsPlan)，大批居住在森林边缘和偏僻地区的华人，被强行迁到了园丘、矿场、城市周边及规划的新村中，到1954年，已建新村达480个，涉及华人人口57万余。新村的建立，从族群关系角度上看，极大地阻碍了马来人与华人之间的交往，不仅如此，通过政府投入而实现的公共设施建设，亦使得华人新村有了不同于传统马来农村的新面貌，这反而带来了马来人的心理不平衡。
二、华人反联合邦运动战后初期英国政府推行的“马来亚联邦”计划的失败，主要归因于马来人的强烈反对。对于一般华人，该计划有关公民权的规定与后来相比虽已相当有利，并因此而招致马来人的强烈反对，但他们自己的反应却是冷漠的，显然当时有关公民权问题并不是他们所迫切关心的，所以对于未经努力而得到的公民权资格未加珍惜，而任由马来人反对使其破产。可是，当英国政府屈从马来人反对浪潮的压力，决定重新考虑马来亚联邦问题，并成立“宪制工作委员会”，且只与马来苏丹和巫统代表协商，而将华人等其他族群代表排除在外，以至准备出台新的联合邦协定之际，华人才以商界为主做出强烈反应。
1946年7月25日，英国政府任命了一个工作委员会以研究制定一部新的联合邦协定，以取代英国人自己拟定的联邦协定，其成员包括6名英国官员、4名马来统治者和2名巫统代表。该委员会建议新协定有以下几点不同：保护马来人统治者的主权；严格限制非马来人公民权资格；以及保护马来人特权。新协议是为了建立“马来亚联合邦”而制定的，1946年12月已基本拟就。
在实施前，为了听取其他族群的意见，成立了一个咨询委员会，9名成员中包括印度人和华人（2人）代表。尽管如此，新协议建议书中的许多重要内容还是引起了华人的强烈抗议。他们以商界为主，联合其他华人社团，纷纷召开集会，研究协议条文，向咨询委员会、马来亚联邦总督、英国殖民部递送备忘录，批评协议内容是不民主和不公平的，同时表明自己的立场和主张，如：新加坡与马来亚不能分治；放宽公民权资格；合理分配立法议会议席，等等，并要求英国派遣一个皇家委员会来做实地调查，以便修订有偏见的宪制规定。华人舆论界也对新协定建议书发出批判声音。
1947年7月24日，英国殖民当局不顾华人的强烈反对，正式接受了联合邦协定建议书，并宣布马来亚联合邦将于1948年2月1日成立。结果激起了华人更为强烈的不满和愤慨，马来亚中华总商会等社团于是纷纷致电英殖民部大臣A．C．Jones，以示抗议，同时，决心采取更具体的行动，与以DrBurhanuddinAl-Helmi为首的AMCJA-PUTERA联合阵线一起，于10月20日发动全马总休业一天。全马联合行动委员会(AMCJA)为反对马来亚联合邦协定而创建于1946年12月22日，成员组织有马来亚民主联盟、马来亚印度人国民大会、马来亚人民抗日军退伍同志会、泛马各业总工会等，由陈祯禄担任主席。1947年3月与马来人民统一阵线(PUTERA，其成员有马来亚马来国家党/PKMM、AngkatanPemdaInsaf/API和AngkatanWanitaSedar/AWAS)合并，成立AMCJA-PUTERA联合阵线，这是一个左翼团体的大联合。休业抗议如期举行，得到了华人和印度人的普遍支持。关于这次休业，时任新加坡总督的SirF．Gimson讲道：“新加坡如期发生的总休业无疑是非常有效的。华人与印度人的商店停止营业，新加坡几乎全然陷于瘫痪状态”。尽管如此，非马来人的抗议行动最终并未阻止“马来亚