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马迹。顾祖禹【读史方舆记要·卷99】提到：“总兵俞咨皋者，用间移红夷于北港(台湾地名)，乃复得澎湖。”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人缺乏对台湾的主权意识。经长期闭关自守、实施海禁之后，明人不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明·给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载，就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。
从现有史料看，同意荷兰人对台湾的占领，只是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。
《巴达维亚城日记》记载，荷兰人占领台湾后不久，就同日本人发生冲突，因为日本人反对向他交纳关税。在争执中，荷兰人指出：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝已将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”，现在东印度公司已成为主人，日本人应当向他们纳税。从这些话可以看出，当时荷兰人承认台湾是中国领土，但他们说中国皇帝已将土地赐予他们，则不是事实。因为那是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。所以《巴达维亚城日记》又指出：“中国人已获准前往台湾(指安平)与我方贸易，但宫廷并未公开许可，而军门、都督及大官则予以默许。”。从日记还可看出，当时只答应台南的安平港，并没有答应整个台湾。
荷兰人撤离澎湖
七月初三日(公历8月16日)，明军大发兵，南居益命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进，直逼夷城，荷兰人不得不同意撤离。
《明实录闽海关系史料》述：“初三日，我兵（明军）直逼夷城（马公），改分兵三路齐进；而夷恐甚，高文律随竖白旗，差通事同夷目至娘马宫哀禀……并无作歹；乞缓进师，容运粮米上船，即拆城还城。孙海道（孙国祯）恐攻急，彼必死斗，不如先复信地后一网尽之为稳，姑许之。”
七月十三日（公历8月26日），荷兰人开始拆城，将建筑材料、大米、武器及其他财物转移至“大员”(荷人称之为—“台窝湾”，今台湾安平)，携同驻台湾第一任长官马蒂孙克从鹿耳门（今安平港口，时荷兰人称为)登陆，建立新的商务据点。
《明实录闽海关系史料》述：“夷果于十三日拆起，运米下船；止东门大楼三层为旧高文律所居，尚留恋不忍。乃督王梦熊等直抵风柜，尽行拆毁。夷船十三只，俱向东番（台湾）遁去。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“居益大发兵，命总兵俞咨皋督诸军齐进。寇势窘，两遣使求援兵，容云米入舟即去。诸将许之，遂扬帆去。独渠帅高文律（或译作“葛温津”）十二人据高楼自守，诸将悉力破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。”
从此荷兰退出澎湖，转进台湾，开始在台湾南部三十八年的盤踞，彻底改变了台湾的历史命运。《康熙戡定台湾记》论及：“荷兰红毛夷求香山、求澎湖于中国而不得，乃以重币啖倭，求台湾一互市地。”
此战明军三次增兵，战事拖延了八个月时间，拥有10倍于敌的兵力却始终不能攻占荷兰人的要塞，最后以围困战术逼退荷兰人。这次战役海上交锋的事迹几乎没有，明军扬长避短以自己的优势陆军来决定战斗胜负，在战争计谋方面做的不错，总算收回了澎湖。但是由于朝政腐败军备松弛的情况已经表露出来很多了。
分兵防守澎湖
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿