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形的双链dna。然而正超螺旋dna不会形成带有单链区域的松弛型dna，故它的结构不变。
8章：quiz2
9章：q3，4,5,8
10章：q4，6,7
11章：q1，3,4
12章：q4，5,7
13章：q1，3，5
思考题（p253-254）：第9，11，12，13题。
第八章：
2：his侧链的pka接近生理ph，使其很容易作为质子供体或受体而参与酶化。
第九章：
3：hanes-wolff作图，它以[s]/v对[s]的作图，避免了v误差对横轴的影响，所以相比双倒数法和eadie-作图法s-wolff作图的误差最小。
4：不可逆性抑制使酶有效浓度下降而导致vmax的下降，但并不影响酶与底物的亲和力，既不影响km，所以其动力性特征类似于非竞争性抑制。
基团特异性抑制剂能共价修饰活性中心的特定氨基酸残基，只在乎活性中心有无能被修饰的氨基酸残基，而不在乎活性中心的三维结构是什么，故起作用的特异性最低。
5：因为这两种抑制剂对酶活性中心结构的特异性要求最高，即作用的选择性最强，使用它们作为引物引起的副作用最低。
8：h越大，正协同性就越强，别构激活剂的作用使得反应系统中更多的酶变成了r态，不再需要底物的激活，因此别构激活剂的存在可导致别构酶正协同性的下降，而别构抑制剂正好相反，因此别构激活剂减少h，别构抑制剂提□□。
第十章：
4：确定靠近多肽底物结合位点的氨基酸残基性质，看有无催化三元体的存在；测定一级结构，和已知的丝氨酸蛋白酶进行比对，考察同源性；进行一系列ph变化的动力学实验，以确定关键氨基酸残基的pka；使用丝氨酸蛋白酶特异性抑制剂和过渡态类似物抑制剂；还可以使用亲和标记，化学修饰和定点突变等实验。
6：广义的酸碱催化，共价催化特有的阴离子穴对碳四面体过渡态的稳定。阴离子穴对碳四面体过渡态的稳定贡献最大。
7：一个游离的cys巯基的pka为8.4，但在蛋白质分子中同样的巯基因为所处的微环境不同而差别很大，从5到10不等。巯基蛋白酶的催化效率显然与巯基的亲核能力的强弱有关。而巯基的亲核能力与其是否离子化（失去质子，解离）有关，pka越低，越容易发生解离。因此，不同的巯基蛋白酶的最适ph取决于其活性中心的巯基的pka。
至于某些巯基蛋白酶上的cys和ser取代以后仍然有活性，可能正好它的活性中心本来含有his和asp，能与引进的ser组成催化三元体。
第十一章：
1：还存在于所有生物体内的天然核酶有核糖核酸酶p和核糖体；还存在于所有真核生物体内的核酶有u6-snrna。
3：人工合成或者用体外转录的方法得到核糖核酸酶p中的rna，这样可以避免蛋白质的污染，再看其有没有催化活性。
4：根据rna世界的假说，应该首先寻找这个星球上有无rna。
第十二章：
4：理论上，亲水的氨基酸残基都能够发生磷酸化修饰。
5：胰蛋白酶，因为其他蛋白酶是受胰蛋白酶的作用而激活的。
7：水解激活，天然过渡态类似物在分泌胰蛋白酶的细胞内防止胰蛋白酶的提前激活和serpin作为抑制蛋白对它的抑制。
第十三章：
1：乙醇脱氢酶可通过nadh在光吸收的变化来直接测定其活性；逆转录酶可通过测定放射性标记的dntp参入dna带来的放射性变化来测定；蛋白质激酶则通过[γ-32p]-atp转移到被磷酸化修饰的蛋白质的放射性变化来测定。
3：比较在非变性凝胶和sds-凝胶上电泳的结果，看条带有无变化。
5：理论上，任何亲水氨基酸都可以，因为它们的侧链基团具有化学反应性。
思考题（p253-254）：第9，11，12，13题。
9：应该是胰蛋白酶抑制剂，因为其他两种蛋白酶是由胰蛋白酶激活而从酶原转变成酶的
11：辅酶与酶结合的比较牢固，难以用温和的方法（如透析和超滤）将其分离出来，而辅酶则不然。含有腺苷的辅酶或辅基有：辅酶i，辅酶ii，fad和coa。这可作为rna世界假说的一个证据。