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接入实验中，碇唯被eva初号机吞噬后，碇源堂懊悔之余就开始寻找能再见到碇唯的办法。
最终他提出了人类补完计划，这个计划最终被寿命接近极限、依靠机械维生的seele组织成员批准执行，成为了使徒抵抗计划后不为人知的潜在部分。
但seele的人类补完计划，是令人类回归莉莉丝，心灵融合互补成为一个完整统一的超级生命体，而碇源堂的真实目的却并非如此，他希望自己和碇唯依旧能以独立的个体方式相见。
所以，让融合了碇唯的初号机觉醒，而他自己以亚当为钥与之融合，掌控神化觉醒最终的选择权，重新见到碇唯的同时阖家成神，实现碇唯最初的梦想——
日月星辰都将陨灭，而人类借由eva达成永恒。
这注定了碇源堂会背叛seele，在最终的时刻争夺成神之钥。
在此之前，碇源堂和seele目标是一致的——消灭亚当与莉莉丝之外的所有使徒，否则两边的计划都没有实现的可能性，活跃状态的使徒会在人类补完的时候污染所有人类的灵魂篡夺成神之钥。
但是，当初碇唯的接入实验出现事故并不是意外...
冬月看了眼碇源堂，他被自己的弟子碇唯拜托过，不要太早告诉碇源堂真相——她是自愿主动融入eva的，为了在seele这个宗教意味浓烈的组织统治的世界里抓住神化的关键。
虽然碇唯的本体化为lcl消失了，但理论上若本人有强烈的意愿，从lcl变回来是有可能的。
所以碇唯是有把握，有很高概率在初号机中保留着部分意识的。
“让真嗣坐上初号机，看看他与初号机的同步率，应该也能确认很多问题了，你也不可能一辈子都不见他吧？”
对碇源堂非常了解的冬月笑了笑，他知道碇源堂知晓自己孩子来找自己谈心就已经有些动摇了，虽然过去因为各种理由把自己儿子冷处理，但这并不意味着他就对自己儿子没有感情。
碇源堂不过是觉得在涉及使徒与seele的险恶博弈中，儿子太过靠近他会被利用而受到伤害，并且因为长期不接触而感到无所适从罢了。
这算是傲娇吧，给个台阶下就可以了...
被未知力量轻微触动的冬月很快劝服了被同样力量干涉的碇源堂，于是碇真嗣如愿见到了自己离家多年的父亲。
十多年话都没说过几句的父子两人在一番口不对心的争执对喷后，很快在冬月协调下达成了谅解。
最近积极乐观起来的碇真嗣表示自己终于理解了父亲涉及人类存亡工作的重要与伟大，原谅了他常年不顾家的行为。
从碇源堂与冬月那获知了关于eva的部分真相后，知道涉及人类存亡的工作居然有自己一份的碇真嗣，在紧张与好奇中被eva适格者直属上司、作战部长葛城美里带下去参观eva了。
他们很快就接收到了碇真嗣面对eva初号机的反应。
碇真嗣同意驾驶eva初号机，他给出的理由让碇源堂心中一颤——这台机器人有种异常亲切的感觉。
“是唯在响应吗？”冬月微笑了起来，“看来母子之间的感应比实验数据更靠谱...”
碇源堂轻哼道：“但愿他看见敌人的样子后还能保持现在的态度。”
......
初号机驾驶员培训计划提上了日程，令很多nerv工作人员松了一口，毕竟他们基地现在就有零号机和初号机两台可用的eva，若能同时启动战斗力立刻就翻倍，这当然是好事。
学校方面请了不定期假日的碇真嗣被葛城美里用一本大部头砸在脸上，他面色纠结地开始阅读学习这本厚度堪比字典的eva驾驶相关知识与条例。
经过一段时间的理论学习和针对性的身体调整，又进行了几次模拟舱测试后，碇真嗣终于被允许进行eva的实际驾驶操纵。
作为驾驶舱的插入栓从针对绫波丽的0号模式转化为全新的1号模式，缓缓插入了eva初号机后颈张开暴露的孔洞，随后固定装置收回，插入栓完全进入eva身躯，其后颈装甲合拢封闭。
尚未完全接入eva启动的驾驶舱内光线暗淡，通过充斥着插入栓的lcl溶液获取氧气等维生物质的碇真嗣努力平复自己紧张的情绪，他按照工作人员的提示一步一步进行操作，不久后驾驶舱骤然明亮了起来，四周刷新出以初号机视角看到的停泊区。
eva的感官神经接入完成，接下来就是等待固定装置解除，开始同步神经连接控制eva进行行动了吧...
心中想着计划步骤的碇真嗣，此刻却听到了一声仿佛近在耳旁的无奈抱怨——“终于进来了，真是麻烦啊...”
唉？
碇真嗣还没反应过来，就眼前一黑失去了意识。
在这一刻，eva指挥大厅里不停汇报着各项检测数据的繁忙工作人员中忽然响起几声惊呼——
“同，同步率出现大幅度波动！峰值接近百分之九十五。”“插入栓深度异常增加！”“驾驶员精神状态出现剧烈变化！”
人们骤然紧张了起来，但在反复验证后，他们发现初号机的情况还在可控范围内，对插入栓的具体操作并没有被阻塞，而且异常情况似乎正在飞快平复好转。
见到这一幕，坐在司令位置上的碇源堂被手挡住的嘴角轻轻翘起，在他想来这应该是碇唯面对自己孩子做出的反应，这说明碇唯在初号机内的情况比预想的要好。
不过实际上初号机内发生的事情和他想的完全不一样，他的老婆儿子早就被程斌转移走养起来随后用念气模拟顶替了，初号机里发生的并不是母子见面互诉深情，而是程斌大刀阔斧的灵魂改造。
“在初号机环境下，碇唯和碇真嗣的灵魂接触，其双方变化的范围相当大，比起一点一滴的引导，还是这种精神接触信息爆炸方便改造。”
程斌一点一点干涉与碇真嗣相关的人，把他尽快送到初号机里，为的就是这个目的。
纵然碇真嗣是他用念气模拟的傀儡化身，但不想引起使徒反应的话，这个化身必然要遵循着正常的轨迹生活，想用这个人类身份的化身去改变试探一些东西，程斌就得找个由头把他合情合理地变成行为逻辑符合自己需求方便操纵的样子。
真嗣进入初号机，和母亲灵魂触碰交流发生了奇妙的化学反应，整个人性格出现明显变化并知道了一些奇怪的信息...在物理层面上来说是完全符合两者算法规律的，虽然发生这种事情的概率比较小，嗯，微乎其微...
按照预设进行了一轮快速改造后，灵魂化身碇真嗣的意识重新上线了。
似乎眨眼间沉稳沉默了许多的碇真嗣配合着外面的工作人员进行了几次初号机全面检测，最终却没有找到之前异常的缘由。
在碇源堂的命令下，此事就此揭过。
不过预定的eva运动测试就只能暂时搁置了，研究部门准备让驾驶员退出初号机，停机仔细检查一下初号机的变化。
但就在此时，刺耳的警报声响彻整个基地。
接到沿着紧急渠道传来的消息，nerv的人们不由得一愣——
等了十几年，使徒终于来了。