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蒙古扩张的时代，终于令高原与草原形成极为深刻的互构联系。在窝阔台汗时期，阔端便征服了西藏，并与萨迦派有了合作。阔端去世后，忽必烈欲图穿越藏区远征大理，以对南宋形成战略大包抄；若想顺利穿越，便必须获得藏族首领的支持和帮助，萨迦派高僧八思巴于是被忽必烈奉为上师。在忽必烈称帝后，八思巴更成为国师、帝师，总管天下释教事务。
此时浮现出一个新的问题，即大汗与上师的相互关系该如何安排？最终达成的妥协是，“听法及人少时，上师可以坐上座。当诸王、驸马、官员臣民聚会时，（上师坐上座）恐不能镇服，（所以）由汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请教于上师不下诏命。其余大小事务因上师心慈，如误为他人求情，恐不能镇国，故上师不要讲论和请求”
。 这一安排确定了此后的草原征服者与藏传佛教大喇嘛之间的关系，即在私域，宗教秩序超越于政治秩序之上，但是在公域，则是政治秩序超越于宗教秩序之上。
这样一种安排，萃取出帝国的政治性的二阶意义：其低阶意义是，它是个纯粹的政治性存在，只负责对普遍性的秩序安排给出担保，而不承担伦理价值；其高阶意义是，它是对于诸种文明秩序的普遍超越，承担了“诸文明的和平共存”这样一种更具普遍性的价值。当然，这样一种二阶意义，在当时还仅仅是作为一个现成事实存在，远未获得精神自觉；对于一般意义上“帝国”的二阶意义的精神自觉，要到现代政治的反思中才会浮现。
基于帝国的力量支持，雪域终于获得了超越于彼此竞争乃至冲突的诸教派之上的一个普遍秩序，这是帝国对于雪域的政治秩序输出；而雪域则因其宗教性，反向实现了对于帝国的精神秩序输出。元明清三代相继地皆有以藏传佛教的宗教力量进行自我政治整合的做法， 雪域高原的政治低成熟度，却使得政治高成熟度的东亚帝国获得了某种非政治的（前政治的）精神秩序的载体，以支撑起显白的政治叙事所无法负载的隐微面相。
对雪域来说，帝国的政治整合更促成其超出小群体规模的宗教秩序之发展。比如格鲁派于15世纪初兴起之后，其大寺院都接受了大明封给的僧官职务，并参与到向朝廷进贡的活动当中；朝廷的回
赠一定会超出贡品的价值，格鲁派由此能够从外部获得必需的经济资源，以便使得它所建立起来的“寺院-扎仓-康村-米村”这样混合教俗的等级化组织系统和管理机制获得必要的财政基础，形成秩序稳定性，并使得它能够扛过敌对教派和势力的多次打击，仍然能够保持和发展。
让格鲁派真正在雪域获得最大教派地位的，是它与已经退居塞外的蒙古的联手；而这一联手过程，却导致了蒙古在法统上的彻底分裂。
大元朝廷被大明逐回塞外之后，由于不再有基于中原农耕地区的稳定的财政基础，大汗又与大明之间进行了长期的战争，主力消耗殆尽，对于诸部落的统合能力大幅下降，部落彼此间征战不休。但是对于汗位的继承，诸部落有着共识，唯有成吉思汗的黄金家族成员有继承权，黄金家族内又是元朝皇室的长子一脉有优先继承权，其他人只有在该脉找不到合法继承人的情况下才有继承资格。中间间或有其他不符规则的人偶然夺取了汗位，但没多久汗位还是会回到正统继承人手中；法统的唯一性使得蒙古人的精神世界仍然有一种底层的统一性存在。
16世纪中期，黄金家族的一个小支中崛起了一位英雄俺答汗，他统领土默特部，凭借卓绝武功几乎统一了漠南地区的蒙古，并将正统大汗所领的察哈尔部排挤到了东蒙地区。察哈尔部的东移改变了东北地区的族群关系，最终在一个复杂的历史过程中促成了女真的崛起。而俺答汗则在向西的征服中，于1578年又一次来到青海，并在一个精心安排的场景中，在青海湖边会见了正苦苦进行教派斗争的格鲁派首领索南嘉措。两人相见甚欢，互赠尊号，索南嘉措将忽必烈的