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抵达神殿的它们即将踏上彩虹石舟前往时限之塔之际，来自未来的追兵却准时抵达。</P>
虽然众人再度击败黑夜魔灵，后者却打算以同归于尽的方式阻止一切。</P>
危急关头森林蜥蜴牺牲自己，与对方一同消失在了时间的尽头。</P>
接连失去队友的皮卡丘与伊布只得独自登上时限之塔顶端，将5枚时之齿轮放回原处。</P>
失控的帝牙卢卡当即出现，决心击杀二人来彻底抹除这个错误。</P>
但经过了不懈努力与眼种子、寄生种子、束缚之玉等道具的辅助，皮卡丘与伊布终于打倒了时间之神。</P>
时之齿轮与时限之塔恢复效力，时间重新开始流动，陷入狂暴的帝牙卢卡神智再度清明，一切就此恢复了正常。</P>
然而，皮卡丘是未来的人类变化而成的精灵。</P>
如今时间修复，黑暗的未来不再，从现在开始的一切都会截然不同，来自原本未来的一切自然也会消失。</P>
因而在一切结束之后，一路走来的皮卡丘也无可避免的消散。</P>
最终，伊布独自回到了草之大陆……</P>
……</P>
当冒险团一行与超梦合作击败了烈空坐后，离开迷宫的他们发现时间已经恢复了正常，颇有种雷声大雨点小的感觉。</P>
“已经结束了啊。”林克的心中不胜唏嘘：“原本令星球停滞的未来消失了。”</P>
太乐巴戈斯感受着微风拂过龟壳的感觉，顿时充满了怀念。</P>
鬼知道它这十天来究竟都经历了什么……</P>
不过在先后与众多精灵、超梦与烈空坐战斗后，太乐巴戈斯也在训练家的协助下进一步了解了自己。</P>
林克此行的目标大体完成，获得了能够对抗原始回归固拉多与盖欧卡的最关键的一张牌。</P>
而炽焰咆哮虎、风速狗与快龙也各自在战斗中取得了新的进步，更因为「心灵互换」而掌握了新的技巧。</P>
“我好想火狐狸，咱们该回家了。”</P>
当一切尘埃落定，离开天空阶梯的林克一行就此收拾行囊，准备带着超梦回到人类的世界。</P>
他们需要从目前所处的草之大陆前往驿站镇所处的雾之大陆。</P>
然而在规程途中，林克却莫名感受到了来自大海的呼唤……</P>
“似乎有什么正在呼唤我，看来我们得暂时改变目的地了。”</P>